在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結(jié)構(gòu)簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進(jìn)去。正面上部裝有玻璃，便于在內(nèi)部操作，箱內(nèi)部裝有紫外線燈，從側(cè)面小門可以放進(jìn)去器具和菌種等。

無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進(jìn)行吹風(fēng)。操作完畢，應(yīng)及時清理無菌室，再用紫外燈輻照30分鐘。 供試品在檢查前，應(yīng)保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球外表面。 每次操作過程中，均應(yīng)做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。 吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。 接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒，待冷卻后，方可接種培養(yǎng)物。 帶有菌液的吸管，試管，培養(yǎng)皿等器皿應(yīng)浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的桶內(nèi)，24小時后取出沖洗。 凡帶有活菌的物品，必須經(jīng)后，才能在水下沖洗，嚴(yán)禁污染下水道。

無菌室應(yīng)定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。 需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應(yīng)包扎嚴(yán)密，并應(yīng)經(jīng)過適宜的方法。 工作人員進(jìn)入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進(jìn)入無菌室進(jìn)行操作。

無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨(dú)立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實(shí)驗(yàn)室內(nèi)，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設(shè)一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進(jìn)雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內(nèi)裝備的換氣設(shè)備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，只有保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進(jìn)行研究。