無塵無菌車間是車間既能達到無塵效果，又能達到無菌效果的一種新有名詞。它是污染控制的源頭。在工廠里，沒有無塵室，污染敏感度高的零件不可能批量生產。無塵無菌車間被定義為具備空氣過濾、優化、構造材料和組裝的房間，其中特定的規定操作程序是控制空氣懸浮微粒濃度，從而達到其規定的標準。

無塵無菌車間是指將一定空間范圍內之空氣中的微粒子、有害空氣、等之污染物排除，并將室內之溫度、潔凈度、室內壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內，而所給予特別設計之房間。

無塵無菌車間一般是在微生物實驗室內專辟一個小房間。可以用板材和玻璃建造。面積不宜過大，約4 ~5 平方米即可，高2.5 米左右。無菌室外要設一個緩沖間，緩沖間的門和無菌室的門不要朝向同一方向，以免氣流帶進雜菌。無塵無菌車間和緩沖間都必須密閉。室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。

一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。