無菌實驗室設計的各項建筑物應堅固耐用、易于維修、易于清潔，并有能防止食品、食品接觸面及內包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結構。

為防止交叉污染，應分別設置人員通道及物料運輸通道，人員通道應按潔凈室通道要求嚴格執行，各通道應裝有空氣幕(即風幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設施。

無菌實驗室墻壁與門窗

1、無菌實驗室的墻壁應采用、不吸水、不滲水、防霉、平滑、易清洗的淺色材料構筑，用此材料裝修高度應直至屋頂。

2、所有門窗結構應采用防銹、防潮、易清洗的密封框架。

空氣調節系統必須可靠運行，采用先進技術，合理利用和節約能源與資源，保證環境的質量和，為實驗人員提供所需要的溫度和濕度，保障生物實驗在的條件下進行，以確保實驗結果得準確性。同時它還必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統是重點，對于保證實驗室相對負壓環境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。

由于潔凈實驗室-生物實驗室的特殊性，除了進行嚴格的設計、施工、調試外，為確保其性，必須對其進行必要的工程檢測和嚴格的驗收，達到要求和使用要求后才可投入運行。另外，使用過程中的一些因素，如非專業的管理和使用，過濾器的更換等，都會對實驗室的性產生影響，因此，使用中的定期檢測與同樣重要。