財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續，發現遺失或毀損時無法查找。

代理記賬單位通常是定期或定時上門服務，日常業務可通過電話溝通，會計不是隨時在單位辦理和咨詢業務

個別 “代理記賬公司”沒有代理記賬資質（市財政局批準的代理記賬許可證、會計上崗證等），發生問題可以回避責任，損害委托單位的利益。這也是小企業在選擇代賬服務公司時必須要注意的事項。

代理記賬機構可以接受委托，受托辦理委托人的下列業務：

1、根據委托人提供的原始憑證和其他資料，按照國家統一的會計制度的規定進行會計核算，包括審核原始憑證、填制記賬憑證、登記會計賬簿、編制財務會計報告等；

2、對外提供財務會計報告；

3、向稅務機關提供稅務資料；

4、委托人委托的其他會計業務。

納稅人因住所、經營地點變動，涉及改變稅務登記機關的，應當在向工商行政管理機關或者其他機關申請辦理變更或者注銷登記前或者住所、經營地點變動前，應向原稅務登記機關申報辦理注銷稅務登記，并在30日內向遷達地稅務機關申報辦理稅務登記。